اكدت الدراسات الهولندية ان السبب الدقيق لمتلازمة القولون العصبي (IBS) غير معروف . لكن خبراء الصحة يعتقد بوجود الاتصالات الخاطئة بين المخ والأمعاء يسبب أعراض القولون العصبي .
هنك مزيج معقد من العناصر ، بما في ذلك الضغط النفسي ، والهرمونات ، و جهاز المناعة ، والمواد الكيميائية التي تسمى بالناقلات العصبية ، ويبدو أنها تتداخل مع الرسائل بين الدماغ والأمعاء وينتج عنها حركة العضلات الغير طبيعية والتقلصات أو التشنجات  والتي غالبا ما تسبب الألم .